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PCR成分操作和選用的注意事項(xiàng)

[2015/1/15]

1) 水:必須是超純水。在1.5ml離心管內(nèi)保存。
  (2) Buffer (緩沖液)
  ? 不同公司,不同的DNA Polymerase,對(duì)應(yīng)不同的Buffer。要清楚的區(qū)分。
  ? 切記要分裝,避免反復(fù)凍融。第一次從公司買來(lái)要分裝。一般是1ml。先250微升分裝到四個(gè)管內(nèi)。然后取一個(gè)管,分裝50微升到五個(gè)管內(nèi)。清楚標(biāo)記。 ?
  特別注意Buffer (緩沖液)是否有鎂離子。如果沒(méi)有需要額外添加。
  (3) dNTP
  不同公司,不同的DNA Polymerase,對(duì)應(yīng)不同的dNTP,主要是融dNTP的溶液不同公司很有可能是不同的。要清楚的區(qū)分。
   切記要分裝,避免反復(fù)凍融。第一次從公司買來(lái)要分裝。一般是1ml。先250微升分裝到四個(gè)管內(nèi)。然后取一個(gè)管,分裝50微升到五個(gè)管內(nèi)。清楚標(biāo)記。
  (4) Primer (引物)
  引物最核心,最重要的是特異性。學(xué)會(huì)如何利用基因組數(shù)據(jù)庫(kù)去判斷引物特異性。為了特異性,其他條件都是可以變動(dòng)的。其他條件都是子滿足特異性的前提下考慮的。
  一般長(zhǎng)度為 23-35 個(gè)核苷酸。但不應(yīng)大于38,因?yàn)檫^(guò)長(zhǎng)會(huì)導(dǎo)致其延伸溫度大于74℃,不適于Taq DNA 聚合酶進(jìn)行反應(yīng) 
  理想的 GC 含量為 40-60%
  計(jì)算的退火溫度(Tm)應(yīng)在 50-65℃ 
  兩條引物間 Tm 差值應(yīng)在 5℃ 以內(nèi)避免引物形成引物內(nèi)二級(jí)結(jié)構(gòu)(如發(fā)卡結(jié)構(gòu))以及引物二聚體
  當(dāng)引入限制性位點(diǎn)時(shí),需要在識(shí)別位點(diǎn) 5' 端額外添加 4-6 個(gè)堿基。如果直接用PCR產(chǎn)物要進(jìn)行酶切反應(yīng),要額外添加6 個(gè)堿基
   每條引物的終濃度應(yīng)為 0.1-0.5 μM; 引物濃度過(guò)高可能導(dǎo)致非特異性引物結(jié)合,并產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物 ?
  如擴(kuò)增編碼區(qū)域,引物3′端不要終止于密碼子的第3位,因密碼子的第3位易發(fā)生簡(jiǎn)并,會(huì)影響擴(kuò)增的特異性與效率。 
      引物的5′端可以修飾,而3′端不可修飾。
  引物的5′ 端決定著PCR產(chǎn)物的長(zhǎng)度,它對(duì)擴(kuò)增特異性影響不大。因此,可以被修飾而不影響擴(kuò)增的特異性。引物5′ 端修飾包括:加酶切位點(diǎn);標(biāo)記生物素、熒光、地高辛、Eu3 等;引入蛋白質(zhì)結(jié)合DNA序列;引入點(diǎn)突變、插入突變、缺失突變序列;引入啟動(dòng)子序列等。
  引物的延伸是從3′ 端開始的,不能進(jìn)行任何修飾。3′ 端也不能有形成任何二級(jí)結(jié)構(gòu)可能。
  (5) 模板:
   如論是總DNA還是質(zhì)粒DNA純度要盡量高。對(duì)反應(yīng)是否成功至關(guān)重要。如果組織量容許,用試劑盒提取總DNA。如果組織量少,用實(shí)驗(yàn)室的手提方法。有兩個(gè)關(guān)鍵點(diǎn):第一步加的提取液體積要過(guò)量,以便充分混勻。最后一步乙醇清洗要進(jìn)行兩次;干燥要徹底,管內(nèi)不能有液體。要用純水溶解。
  如果DNA溶解不充分,可以在75-85度水浴中處理10-20分鐘,可以顯著促進(jìn)溶解。
  要知道自己模板的濃度。
  模板量根據(jù)反應(yīng)用的DNA Polymerase的要求確定。
  如果PCR DNA產(chǎn)物用于分子克隆,適當(dāng)提高模板量,這樣可以減低PCR反應(yīng)的循環(huán)數(shù),從而降低引入突變的幾率。
  (6)DNA Polymerase (DNA聚合酶)
  如果是常規(guī)檢測(cè),目前是有 Takara Ex-Taq; 如果是分子克隆,用Takara Prime Star;純粹學(xué)習(xí)目的,使用 全式金Easy Taq,或是 Takara rTaq.
  (7)建立好反應(yīng)體系后立即放入已經(jīng)預(yù)熱至變性溫度的熱循環(huán)儀中

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